我是一名使用R和R Studio分析质谱数据的化学家。我有自动化的脚本来处理我的数据，因为有很多文件。这些脚本使用render()调用rmarkdown来导入数据、操作数据框、将处理后的数据框保存为.csv格式并生成html图。我最近更新到R v3.5.1和R Studio v1.1.463后，在渲染rmarkdown文件时遇到了问题。我收到的错误是：如果我在R Studio中使用knit按钮，或者如果我使用render()，就会得到Error: path for html_dependency not found:。rmarkdown中的脚本运行完成，因为结果对象出现在R Studio的环境窗口中，但是html文件没有呈现，我得到了错误，它停止了我用来处理特定文件夹中所有文件的render()循环。这是我在更新之前做过很多次的过程。
运行traceback()，得到以下结果：

8: stop("path for html_dependency not found: ", file, call. = FALSE)
7: FUN(X[[i]], ...)
6: lapply(dependencies, validate_html_dependency)
5: dependency_resolver(all_dependencies)
4: html_extras_for_document(knit_meta, runtime, dependency_resolver, 
       format_deps)
3: base(...)
2: output_format$pre_processor(yaml_front_matter, utf8_input, runtime, 
       knit_meta, files_dir, output_dir)
1: render("Processing and QA Template_INT_FINAL_MFAssignR.rmd", 
       output_file = paste0(substr(file_list[i], 1, nchar(file_list[i]) - 
           4), ".html"), output_dir = folder, params = list(data = file_list[i], path = folder))

我已经重新安装了几次软件包。我甚至删除了我的图书馆文件夹完全一次，然后重新安装。我的软件包是最新的，但自从更新以来，我在安装软件包时遇到了问题，包括rmarkdown。我不得不使用install.packages(“package”, type=”binary”)来安装rmarkdown的依赖项，以便安装它。通常我可以在R Studio中使用Install按钮。
这是一台工作PC（Windows 10，64位），我没有管理员访问权限。我必须在我的大学通过IT卸载/安装，这是一个麻烦，所以我想带着一个计划来找他们。我的软件包库默认为一个网络驱动器，我可以读/写，我有有限的访问硬盘;无论哪种方式，我似乎都不能改变包在R Studio中的安装位置。我不知道我是否可以重新安装旧版本的R和R Studio，或者它是否会有帮助。我使用的很多包都是为当前版本的R开发的，我遇到了一些其他问题，这就是为什么我首先更新。完全相同的脚本和数据文件在另一台PC上正常运行（我的个人笔记本电脑，也是最新的R，R Studio和软件包）;我所做的唯一更改是工作目录，以便数据正确加载。我安装软件包也没有问题。
这是我的代码的一个例子;由于我的脚本很长、很复杂，而且是数据专用的，我准备了一个更简化的版本作为示例。我真的不认为脚本本身有什么问题，就像我之前提到的，在更新之前我已经运行了很多次。我怀疑R、R Studio或rmarkdown的安装有问题。
主脚本从rmarkdown调用render()：

setwd("D:/Working Directory")
library("rmarkdown")
folder=paste0(getwd(),"/")
file_list=list.files(path=folder, pattern="*_MF.csv")
for (i in 1:length(file_list)){
      render("Processing and QA Template.rmd",
             output_file = paste0(substr(file_list[i],1, nchar(file_list[i])-4),".html"), output_dir = folder,
             params=list(data=file_list[i], path=folder))
}

rmarkdown名为“Processing and QA Template.rmd”，位于“D：/Working Directory”中：

---
title: "Example Processing and QA"
author: "Matt Brege "
date: "2018-12-12"
output: html_document
params: 
  data: x
  path: x
---
```{r, echo=FALSE, message=FALSE}
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(tidyr)
file_name <- substr(params$data, 1, nchar(params$data)-7)
folder <- params$path
input <- tbl_df(read.csv(paste0(file_name, "_MF.csv"), stringsAsFactors = FALSE)) 

#...a series of long and complicated data manipulations later…
write.csv(input7, paste0("Output/", file_name, "_QAd.csv"), row.names=FALSE, na="")

#...plotting section…
# these are just examples
p1 <-ggplot(diamonds, aes(x=carat, y=price)) + geom_point()
print(p1)
p2<- ggplot(diamonds, aes(x=carat, y=price, color=clarity)) + geom_point()
print(p2)
p3<- ggplot(diamonds, aes(x=carat, y=price, color=cut)) + geom_point()
print(p3)

最后，我发现以下类似的帖子似乎是同一个问题，但它们是旧的，来自不同版本的R，而且在这些情况下似乎没有解决：
[RMarkdown cannot knit: html_dependency not found](https://stackoverflow.com/questions/47357536/rmarkdown-cannot-knit-html-dependency-not-found)
[RNotebook cannot output due to html_dependency not found](https://stackoverflow.com/questions/44575160/rnotebook-cannot-output-due-to-html-dependency-not-found)
[R looks in the wrong place for html dependency](https://stackoverflow.com/questions/47677303/r-looks-in-the-wrong-place-for-html-dependency)
最后一个链接中的一个建议是清除该高速缓存：* “如果你缓存了包含HTML小部件的块，你可能需要在更新R包后使该高速缓存无效。- Yihui Xie Dec 6 '17 at 19：00”* 但我不确定这意味着什么或如何做到这一点。我通常在每个脚本的开头运行`cat("\014")`和`rm(list=ls())`，但我不知道这是否是建议的意思，它没有帮助。