R大矩阵算子

zc0qhyus 于 2023-10-13 发布在其他

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我试图在一个大的.matrix对象中找到一个值的特定位置。取以下矩阵：

X <- as.big.matrix(matrix(1:30, 10, 3))

我想找到一个特定值出现的行号和列号，比如find_numb = 13（这将在后面用于另一个矩阵的子集）。在一个标准矩阵上，我做：

as.matrix(X) == find_numb #Convert big.matrix and find location of value

它返回一个TRUE/FALSE矩阵，这个矩阵很棒。
现在，当我在一个大的.matrix X == find_numb上做同样的事情时，我得到了以下错误：

Error in X == find_numb : 
  comparison (1) is possible only for atomic and list types

这似乎是一个简单的问题，但我不完全理解这个错误（仍然在学习R /编程），所以我为自己不理解这些原子和列表定义而道歉。
上面的例子是一个简单的例子：实际的矩阵大约是500 GB（因此是big.matrix），我想搜索不同数字的向量来找到它们各自的位置，例如：

find_numb <- sample(1:10000, 2000).

我起草了mcapply函数来做这件事，只是在试图找到每个值的初始位置时遇到了这个问题。
谢谢你的帮助和指导

r

来源：https://stackoverflow.com/questions/77226392/r-big-matrix-operators

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h9a6wy2h1#

使用R包{bigstatsr}，您可以：

library(bigstatsr)
X <- as_FBM(matrix(sample(30, 5000, replace = TRUE), 50, 100))

# tuto for big_apply(): https://privefl.github.io/bigstatsr/articles/big-apply.html
test <- big_apply(X, function(X, ind) {
  res <- which(X[, ind, drop = FALSE] == 13, arr.ind = TRUE)
  res[, 2] <- ind[res[, 2]]
  res
}, a.combine = "rbind")

test2 <- which(X[] == 13, arr.ind = TRUE)
all.equal(test, test2)

免责声明：我是软件包的作者。

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