使用factoextra ggplot2更改图例栏的限制

q9rjltbz  于 2023-10-13  发布在  其他
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我正在用R进行PCA。我使用factoextra绘制PC1和PC2的双标图,如example所示。

library(factoextra)

# Load decaathlon2 data
data(decathlon2)
decathlon2.active <- decathlon2[1:23, 1:10]

# PCA
res.pca <- prcomp(decathlon2.active, scale = TRUE)

# Plot
fviz_pca_var(res.pca,
             col.var = "contrib",
             gradient.cols = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
             repel = TRUE)

如何更改图例栏的限制?我想把极限定义在5到10之间,而不是当前的[8.8,9.4]。

vsmadaxz

vsmadaxz1#

您给出的示例没有指定的范围[8.8,9.4] --您可能是指从您的实际数据创建的不同图。在给定的示例中,将颜色范围设置为[5,10]会使一些箭头未着色(因为有些贡献大于10),因此让我们通过将示例图像中的颜色条的比例从[6,12]增加到[0,15]来演示。
为此,您可以将scale_color_gradientn添加到图中,指定您自己的limits。使用传递给gradient.cols的相同颜色:

fviz_pca_var(res.pca, col.var = "contrib", repel = TRUE) +
  scale_color_gradientn(name = "contrib", limits = c(0, 15),
                        colours = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))

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