我用MATLAB的voronoin
来判断细胞之间的连接,我想把这个函数转换成Python。
当我使用Python的scipy.spatial.Voronoi
时,输出有点不同。例如,我对MATLAB和Python使用了相同的输入,如您在下一段代码中所见。
MATLAB:
seed = [ 17.746 -0.37283 -0.75523;
6.1704 1.3404 7.0341;
-7.7211 5.4282 4.5016;
5.8014 2.1252 -6.2491;
-16.047 -2.8472 -0.024795;
-2.2967 -6.7334 0.60707]
[vvern_mat, vceln_mat] = voronoin(seed);
Python:
import numpy as np
from scipy.spatial import Voronoi
seed = np.array([[ 17.746 , -0.37283 , -0.75523 ],
[ 6.1704 , 1.3404 , 7.0341 ],
[ -7.7211 , 5.4282 , 4.5016 ],
[ 5.8014 , 2.1252 , -6.2491 ],
[-16.047 , -2.8472 , -0.024795],
[ -2.2967 , -6.7334 , 0.60707 ]])
vor = Voronoi(seed)
vvern_py = vor.vertices
vceln_py = vor.regions
输出如下:
MATLAB:
vvern_mat =
Inf Inf Inf
-6.9386 1.7980 -7.7861
-15.9902 -20.8031 50.1840
29.5016 106.3690 5.9214
8.6816 -6.5899 -0.1741
-0.2027 2.1210 0.5874
vceln_mat =
1 4 5
1 3 4 5 6
1 2 3 4 6
1 2 4 5 6
1 2 3
1 2 3 5 6
Python:
vvern_py = array([[ -6.93864391, 1.79801934, -7.78610533],
[-15.9902125 , -20.80310202, 50.1840397 ],
[ 29.501584 , 106.36899584, 5.92137852],
[ 8.68156407, -6.58985621, -0.17410448],
[ -0.20266123, 2.12100225, 0.58735065]])
vceln_py = [[],
[-1, 0, 2, 3, 4],
[-1, 2, 3],
[-1, 0, 1],
[-1, 0, 1, 2, 4],
[-1, 1, 2, 3, 4],
[-1, 0, 1, 3, 4]]
当你专注于vceln
时,你会注意到MATLAB和Python之间的值是相同的,因为你可以通过将2加到vceln_py
来得到vceln_mat
。但是,行顺序是不同的,我很难将vceln_py
转换为vceln_mat
。
我想我可以通过将MATLAB的Qhull
选项应用到Python来解决这个问题,但我不能得到相同的输出。(关于voronoin的选项:https://jp.mathworks.com/help/matlab/ref/voronoin.html?lang=en#bqurvsm-1)如果有人能解决这个问题,我将非常感激。
2条答案
按热度按时间nhaq1z211#
vor.regions
中列表的顺序可以是任意的。但是,您可以通过vor.point_region
属性获取哪个区域与哪个入口点相关联的信息。scipy.spatial.Voronoi documentation说:因此,您必须根据
vor.point_region
中的信息订购vor.regions
像这样,您可以获得MATLAB
voronoin
函数的排序,它显然已经在本质上完成了这种排序。为了得到同样的数值,你可以计算(正如你已经提到的)
但是,其原因似乎既没有在scipy.spatial.Voronoi、voronoin中也没有在qhull文档中记录。
emeijp432#
有时
vor.regions
中有一个空的列表成员,它的索引从vor.point_region
中删除,所以len(vor.region) = len(vor.point_region) + 1
。在这种情况下,@gehbiszumeis的回答可能会引起错误。我建议使用这行代码: