pkg-config元数据文件似乎不适用于外部环境变量，即使您正确地导出了它们。
但pkg-config对此有另一种机制。您可以设置PKG_CONFIG_MKL_DYNAMIC_LP64_IOMP_MKLROOT：

$ echo $MKLROOT
/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl

$ pkg-config --cflags mkl-dynamic-lp64-iomp
Variable 'MKLROOT' not defined in '/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl/bin/pkgconfig/mkl-dynamic-lp64-iomp.pc'

$ export PKG_CONFIG_MKL_DYNAMIC_LP64_IOMP_MKLROOT=$MKLROOT

$ pkg-config --cflags mkl-dynamic-lp64-iomp
-I/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl/include

通常，环境变量PKG_CONFIG_XXX_VVV将覆盖包XXX中的变量VVV。XXX和VVV都必须大写，并且非字母数字字符转换为下划线。（见man pkg-config）
(Note您的软件包是imkl-dynamic-lp64-iomp，没有.pc扩展名。

我不确定我理解这个问题。要设置正确的环境变量，您必须调用script（mklvars.sh）来设置此环境变量。例如，如果使用英特尔编译器，请访问mklvars.sh ia 32/intel 64或compilervars.sh ia 32/intel 64。

在<mkl_install_dir>/mkl/bin/目录下应该有一个名为mklvars.sh的脚本，它可以为您设置所有必要的环境变量（如MKLROOT）。（我相信你每次想使用MKL时都需要这样做，或者你可以将它添加到你的./bashrc文件中，这样你每次打开shell时它都会被引用。
关于设置pkg-config文件，以下是来自Intel documentation的说明：
调整pkg-config元数据文件中的编译和链接选项：
1.转到<mkl_install_dir>/mkl/bin/pkgconfig目录。
1.指定${prefix}变量，该变量包含“英特尔MKL”目录的完整路径，如果需要另一个MKL路径，可以更改该路径。
1.指定库：pkg_config --libs返回的链接行。您可以使用英特尔MKL链接线顾问或离线英特尔MKL链接线工具获取英特尔MKL配置的首选链接线。在建议程序返回的链接行中，确保将外部环境变量${MKLROOT}更改为内部pkg-config ${prefix}，因为pkg-config元数据文件将无法使用外部环境变量。但是，您可以使用pkg-config工具在外部设置它（有关详细信息，请参阅pkg-config工具手册页）。
1.指定Cflags：pkg-config --cflags将返回的编译器选项。您也可以更新它（请参阅步骤3中的说明）。
英特尔MKL Link Line Advisor提供here版本。
在我的情况下，它足以做到步骤1和2;链接行和包含目录是正确的。如果您计划在GNU编译器中使用MKL，则可能需要更改此设置。