keras 经过训练的U-Net应在60个epoch后根据参数/权重预测CT图像

d5vmydt9  于 2023-10-19  发布在  其他
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我的U网可以预测核磁共振的CT图像我已经使用连接的3D MRI/CT对U-Net进行了训练和验证,如下所示:

def train_valid_model(X, Y, x_val, y_val):

    s = X.shape
    model = UNet_model_2D(s[1], s[2], 1)  # s[1]=256, s[2]=256 
    
    callbacks = [
        tf.keras.callbacks.TensorBoard(
            log_dir='logs',
            histogram_freq=1,
            write_graph=True,
            write_images=True,
        )
    ]
    
    # return a History object whose attribute '.history ' is a record of  
    # training loss, metrics, validation loss, and validation metrics values
    results = model.fit(
        x=X,  # concatenated 3D MRIs
        y=Y,  # concatenated 3D reference CTs
        batch_size=16, 
        epochs=200,
        verbose=1,
        callbacks=callbacks,
        validation_data = (x_val, y_val),  # concatenated 3D MRIs/CTs
    )
    
    tmp = list(results.history.values())
    
    train_loss=tmp[0][:]  # train loss
    val_loss=tmp[1][:]  # val loss
    
    # write/append csv file
    f = open('log_train_loss_TF_CT.csv', 'a')
    writer = csv.writer(f)
    writer.writerow(train_loss)
    f.close()
    f = open('log_val_loss_TF_CT.csv', 'a')
    writer = csv.writer(f)
    writer.writerow(val_loss)
    f.close()
    
    model.save('pCT_2D_deep_large_batch16', save_format='tf')

查看TensorBoard中的损失函数图,我发现在60个epoch之后,在进一步收敛和过拟合之间有一个很好的折衷。因此,我现在想用模型参数/权重预测60个时期后的CT。我该怎么做?
到目前为止,我有以下方法:

# load trained & validated model
model_name = 'pCT_2D_deep_large_batch16'
model = tf.keras.models.load_model(model_name, compile=False)

# load concatenated test MRIs
X_test = nib.load('test_MRIs.nii.gz').get_fdata()

# predict sCTs
predicted_data = model.predict(X_test, verbose=1)

# save predicted sCTs as concatenated NIfTI file
image = nib.Nifti1Image(predicted_data, affine=None)
nib.save(image, 'predicted_sCTs.nii.gz')

在Spyder控制台中,出现了以下内容:

有没有办法在60/200的时候停下来?有人能帮帮我吗?

yyhrrdl8

yyhrrdl81#

如果唯一保存的模型是在200个epoch之后,则没有直接的方法来检索60个epoch处的权重。
如果可以重新训练,最简单的解决方案是重新训练,但使用model.fit(..., epochs=60, ...),并查看损失大致与之前的训练相同。
此外,Keras的ModelCheckpoint回调可以用于在训练期间保存检查点,以便中间模型权重不会丢失。

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