Django 3.2引入了一个功能来专门解决这个问题：
https://docs.djangoproject.com/en/3.2/ref/models/querysets/#alias
alias()的工作方式类似于annotate()，除了其他查询集方法，如annotate()：它不会停留在最终输出中。

qs = A.objects.filter(...)
qs = qs.alias(aux=...)  # using alias here instead of annotate
qs = qs.annotate(ann=Case(
When(condition=Q(aux=0), 
     then Value('some')),
When(condition=Q(aux_gt=0),
     then Value('other'))))

丑陋的黑客：

一个简单的方法是将aux也重命名为ann。这样，第二个注解将覆盖第一个注解，第一个注解将不再存在于输出中。

qs = A.objects.filter(...)  # complicated
qs = qs.annotate(ann=...)  # complicated
qs = qs.annotate(ann=Case(
    When(condition=Q(ann=0), 
         then Value('some')),
    When(condition=Q(ann_gt=0),
         then Value('other'))))

这似乎起作用了。在SQlite和PostgreSQL上使用Django 1.11进行测试。
但一定有更好的办法，拜托。

它没有文档记录，但有一个QuerySet().query.annotations字典，您可以操作它来从结果中删除注解：

qs = A.objects.filter(...)  # complicated
qs = qs.annotate(aux=...)  # complicated
qs = qs.annotate(ann=Case(
    When(condition=Q(aux=0), 
         then Value('some')),
    When(condition=Q(aux_gt=0),
         then Value('other'))))

qs.query.annotations.pop('aux')

它既适用于您提到的“辅助注解”，也适用于过滤。例如，如果你只是想过滤它们，你可以在最后删除所有的注解：

qs = A.objects.filter(...)  # complicated
qs = qs.annotate(aux=...)  # complicated
qs = qs.annotate(ann=Case(
    When(condition=Q(aux=0), 
         then Value('some')),
    When(condition=Q(aux_gt=0),
         then Value('other'))))
qs = qs.filter(ann='some')
qs.query.annotations.pop('aux', None).pop('ann', None)

但是如果你能负担得起使用较新的django（3.2+），那么就像另一个答案中建议的那样使用qs.alias()：https://stackoverflow.com/a/69486332/952437