哦，原来我需要将:franchisees括在括号中：

from User u where 
(u.parentOrganisation = :topLevelOrganisation or u.parentOrganisation in (:franchisees)) 
and u.parentOrganisation.deleted = false 
and u.active = true

发生这种情况的原因是因为当数组中的数据被放入列表中而不带括号时，从列表中搜索数据库的查询语法将是错误的。

示例：

List<Integer> userIdList = [0, 1, 2, 3]

不带括号的查询：from User u where u.id in :list
当数据被插入from User u where u.id in 0, 1, 2, 3-WRONG SYNTAX时，将如下所示。
带括号的查询：from User u where u.id in (:list)
当数据被插入from User u where u.id in (0, 1, 2, 3)-CORRECT SYNTAX时，将如下所示。

我们可以将HQL中的条件“OR”拆分为两个语句。
它工作正常。

from User u where 
(u.parentOrganisation = :topLevelOrganisation and u.parentOrganisation.deleted = false 
and u.active = true ) 
or (u.parentOrganisation in (:franchisees) and u.parentOrganisation.deleted = false 
and u.active = true)

因为你漏掉了一些括号，
固定前：

" WHERE ( :status IS NULL OR ( :status IS NOT NULL AND c.caseStatus IN :status ) )"

修复后：

" WHERE ( (:status) IS NULL OR ( (:status) IS NOT NULL AND c.caseStatus IN (:status) ) )"

在我的例子中，我得到这个错误是因为我试图检查一个应该是列表的查询参数是否为null（IS NULL），就像这样：

:listParameter IS NULL or p.value IN :listParameter

对我有效的方法是通过传递一个flag参数，将IS NULL检查更改为设置参数的代码部分。此标志参数指示:listParameter是否为null（或空）。
在前面的例子中，当我创建查询时，我会包含flag参数（参见listParameterIsNull）：

Query query = em.createQuery("Queries.nameOfTheQuery")
  .setParameter("listParameterIsNull", listParameter == null || listParameter.isEmpty())
  .setParameter("listParameter", listParameter);

查询的部分如下所示：

:listParameterIsNull = TRUE OR p.value IN :listParameter

希望有帮助。