使用mpl_toolkits.mplot3d.art3d.Patch3DCollection对象的remove方法，而不是axes.clear() + fig.add_subplot：

In [31]: fig = plt.figure()

In [32]: ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')

In [33]: xs = np.random.random_sample(100)

In [34]: ys = np.random.random_sample(100)

In [35]: zs = np.random.random_sample(100)

In [36]: a = ax.scatter(xs, ys, zs, c='r', marker='o')   #draws

In [37]: a.remove()                                      #clean

In [38]: a = ax.scatter(xs, ys, zs, c='r', marker='o')   #draws again

如果你仍然有问题，你可以玩这个：

import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
from matplotlib import interactive
interactive(True)

xs = np.random.random_sample(100)
ys = np.random.random_sample(100)
zs = np.random.random_sample(100)

fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')

a = ax.scatter(xs, ys, zs, c='r', marker='o')

plt.draw()

raw_input('press for new image')

a.remove()

xs = np.random.random_sample(1000)
ys = np.random.random_sample(1000)
zs = np.random.random_sample(1000)

a = ax.scatter(xs, ys, zs, c='r', marker='o')

plt.draw()

raw_input('press to end')

Joquin的建议很有效，并强调了我可能会以错误的方式开始绘制。然而，为了完整起见，我最终发现您可以通过使用以下命令来摆脱2D轴：

self.axes.get_xaxis().set_visible(False)
self.axes.get_yaxis().set_visible(False)

这似乎至少是一种从3D图中删除2D标签的方法，如果它们出现的话。