如果我使用Biopython Phylo模块创建系统发育树，它是从左到右的，例如：

import matplotlib.pyplot as plt
from Bio import Phylo
from io import StringIO

handle = StringIO("(((A,B),(C,D)),(E,F,G));")
tree = Phylo.read(handle, "newick")

fig, ax = plt.subplots(1, 1, figsize=(6, 6))
Phylo.draw(tree, axes=ax, do_show=False)
plt.savefig("./tree_rect.png")
plt.close(fig)

生产

如果我现在尝试使用matplotlib的内置极坐标变换将其转换为循环树，我会得到：

fig, ax = plt.subplots(subplot_kw=dict(polar=True), figsize=(6, 6))
Phylo.draw(tree, axes=ax, do_show=False)
plt.savefig("./tree_circ.png")
plt.close(fig)

我获得

也就是说matplotlib将y轴作为径向轴，x轴作为Angular 。这与我获得正确布局所需的相反，我可以这样做，例如，使用ete3：

from ete3 import Tree, TreeStyle
t = Tree("(((A,B),(C,D)),(E,F,G));")
circular_style = TreeStyle()
circular_style.mode = "c"
circular_style.scale = 20
t.render("tree_ete3.png", w=183, units="mm", tree_style=circular_style)

(How)这可以用生物Phylo来完成吗？我想可能性是

• 更改Phylo.draw中的布局，使树向上
• 告诉matplotlib polar transformation使用x轴作为径向向量，y轴作为Angular

但我不知道如何做到这两点（以及是否可以做到这一点）。
相关问题：Python: How to convert a phylogenetic tree into a circular format?