您的错误意味着$_变量未定义，它不包含值。通常情况下，这是因为文件句柄已耗尽，或从未打开，或文件为空。
在你的例子中，这可能是因为你试图发明自己的循环控制，它不检查eof（文件结束）。
通常，你永远不会遇到这个问题，因为使用这样的东西来读取文件是惯用的：

while (<$fd>) {
    ....
}

这个构造不会产生任何未定义的值，因为这将结束循环。
如果你想在到达eof之前结束循环，你可以使用last：

while (<$fd>) {
    if (! /^##/ ) {
        $header = <$fd>;
        last;              # exit loop
    }
}

if (/^##/) {  }

的缩写

if ($_ =~ /^##/) {  }

但是你没有设置$_。这一行可能应该是

if ($header =~ /^##/) {  }

完整的固定代码：

my $header = <$z>;
if ($header =~ /^#.*/) {
    my $loop = 1;
    while ($loop) {
        if ($header =~ /^##/) {  }
        else {
            $header = <$z>;
            $loop = 0;
        }
    }
}

chomp $header;

但是仍然有一些问题。我认为你的意思是把$header = <$z>放在if语句的“then”部分。修复（并简化）：

my $header = <$z>;
$header = <$z> while $header =~ /^##/;

chomp $header;