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How do I count the number of times any two given values occur together in a row in R?（2个答案）
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我正在尝试从存在和不存在数据创建一个共存矩阵。数据结构目前测量每个物种是否拥有每种细胞类型（X，Y或Z）。如果细胞类型存在于该物种中，则为1，如果不存在于该物种中，则为0。

x <- c(1, 1, 1)
y <- c(0, 1, 0)
z <- c(1, 1, 0)

df_pa_species<-data.frame(species, x, y, z)

字符串
它会生成一个类似于下面的嵌套框架：

Species           X               Y               Z
A                 1               0               1
B                 1               1               1
C                 1               0               0

型
我试图生成一个矩阵，它将计算两种细胞类型共出现的次数。在这个例子中，X与Z共出现两次，Y共出现一次。我的理想输出将是这样的矩阵：

X       Y       Z
X       -        1       2
Y       1        -       1
Z       2        1       -

型
我正在努力制作这个矩阵，因为每行1的数量因物种而异。我尝试将数据转换为以下格式：

db4 <- data.frame(df_pa_species[1], cols = apply(df_pa_species[-1], 1, function(x)
  paste(names(x)[x==1], collapse=",")), stringsAsFactors = FALSE)

Species     cols
A                x,z
B                x,y,z
C                x

型
最终目标是让它更接近我看到的这些例子：（How to calculate a (co-)occurrence matrix from a data frame with several columns using R?，Transforming matrix of presence/absence to Data.frame of vertice connection. (Removing duplicated rows with eeuqal unordered values)）然而，我的行的总和并不相同，我似乎不能让这些工作不平等的行。