pandas 如何在python中执行p值调整(Mann-Whitney U检验)

s5a0g9ez 于 2023-11-15 发布在 Python

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我有两个一维的值列表。我需要对它们执行Mann-Whitney U检验（Mann-Whitney-Wilcoxon）。这是我在python中的工作流程：

import pandas

from scipy.stats import mannwhitneyu 

mannwhitneyu(x, y)

字符串
这给了我p值。我的问题是，我不知道如何执行BH（Benjamini & Hochberg）调整我的p值。我还没有在scipy. org上找到有关它的信息。如果使用此命令无法进行调整，请重新给我另一种方法来执行我的测试在PYTHON3（不是R）

pandas

来源：https://stackoverflow.com/questions/52129388/how-to-perform-p-value-adjustment-in-python-mann-whitney-u-test

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按热度按时间

6vl6ewon1#

从SciPy 1.11.0开始，您可以将mannwhitneyu返回的p值数组传递给scipy.stats.false_discovery_control。

from scipy import stats
import numpy as np
rng = np.random.default_rng(4755221886788)
x = rng.random(size=(4, 5))
y = rng.random(size=(4, 6))
res = stats.mannwhitneyu(x, y, axis=1)
res.pvalue
# array([0.32900433, 0.01731602, 0.12554113, 0.42857143])

stats.false_discovery_control(res.pvalue)
# array([0.42857143, 0.06926407, 0.25108225, 0.42857143])

字符串
Benjamini-Hochberg的默认值为method='bh'，Benjaminini-Yekutieli的默认值为method='by'。

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