ubuntu 无法打开模块文件“hdf5.mod”进行阅读(% 1)：没有这样的文件或目录

ukdjmx9f 于 2023-11-17 发布在其他

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我试图在WSL2（Ubuntu 20.04）https://damask.mpie.de/bin/view/Installation/SpectralSolver上安装DAMASK，但是，当我想制作光谱求解器时。

(base) admin@DESKTOP-FQ1FRPR:~/damask-2.0.3$ make spectral

字符串
我遇到了如下错误，

Building Spectral Solver

Fortran Compiler Flags:
 -fopenmp -std=f2008ts -pedantic-errors -O2  -xf95-cpp-input -ffree-line-length-132 -
 fimplicit-none -fmodule-private -Wall -Wextra -Wcharacter-truncation -Wunderflow - 
 Wsuggest-attribute=pure -Wsuggest-attribute=noreturn -Wconversion-extra -Wimplicit- 
 procedure -Wno-unused-parameter -ffpe-summary=all  -fdefault-real-8 -fdefault-double-8   
 -I/home/fengyx/petsc/include -I/home/fengyx/petsc/arch-linux-c-opt/include

C Compiler Flags:
-O3 -DNDEBUG

Fortran Linker Command:
 /home/admin/petsc/arch-linux-c-opt/bin/mpif90 -Wall -ffree-line-length-0 -Wno-unused- 
 dummy-argument -g -O -fopenmp   -O2  -Wl,-undefined,dynamic_lookup <OBJECTS> -o 
 <TARGET> <LINK_LIBRARIES>  -L/home/admin/petsc/arch-linux-c-opt/lib -Wl,- 
 rpath,/home/admin/petsc/arch-linux-c-opt/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/9 
 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/9 -lpetsc -lHYPRE -lcmumps -ldmumps -lsmumps -lzmumps - 
 lmumps_common -lpord -lpthread -lscalapack -lspqr -lumfpack -lklu -lcholmod -lbtf - 
 lccolamd -lcolamd -lcamd -lamd -lsuitesparseconfig -lsuperlu -lsuperlu_dist -lml - 
 lfftw3_mpi -lfftw3 -lflapack -lfblas -lhdf5_hl -lhdf5 -lchaco -lparmetis -lmetis - 
 ltriangle -lm -lz -lstdc++ -ldl -lmpifort -lmpi -lgfortran -lgcc_s -lquadmath
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /home/admin/damask-2.0.3/build/spectral
[  1%] Built target PREC
[  3%] Built target C_ROUTINES
[  7%] Building Fortran object src/CMakeFiles/QUIT.dir/quit.f90.o
[  7%] Built target SYSTEM_ROUTINES
/home/admin/damask-2.0.3/src/quit.f90:29:5:

   29 |  use hdf5
      |     1
Fatal Error: Cannot open module file ‘hdf5.mod’ for reading at (1): No such file or directory
compilation terminated.
make[3]: *** [src/CMakeFiles/QUIT.dir/build.make:63: src/CMakeFiles/QUIT.dir/quit.f90.o] Error 1
make[2]: *** [CMakeFiles/Makefile2:709: src/CMakeFiles/QUIT.dir/all] Error 2
make[1]: *** [Makefile:130: all] Error 2
make: *** [Makefile:10: spectral] Error 2

型
有谁能给我一些建议吗？我将不胜感激。

ubuntu

来源：https://stackoverflow.com/questions/69557199/cannot-open-module-file-hdf5-mod-for-reading-at-1-no-such-file-or-directory

3条答案

按热度按时间

5m1hhzi41#

我正在尝试安装DAMASK，遇到了同样的问题。你需要手动安装hdf 5从源代码在他们的页面上，与正确的编译器，如所述的damask说明页面和“安装”文本文件提供的hdf 5，和正确的选项。然后重新配置和重新制作PETSC与hdf 5文件夹指向配置，而不是--download-hdf 5。然后至少这个问题会消失。（我现在和其他人一起奋斗）。

赞(0）回复(0）举报 2023-11-17

fykwrbwg2#

你应该使用这样的命令安装libhdf 5：