这并不是说“>"使事情变得复杂”，你只是告诉sed去解释一个不包含sed脚本的文件。
这个问题还不清楚，但我可以告诉你这是OP想要的，使用任何POSIX awk：

awk -F'[> ]+' '
    NR==FNR {
        match($2,/([^_]+_){3}/)
        map[substr($2,1,RLENGTH-1)] = $2
        next
    }
    /^>/ && ($2 in map) {
        $0 = "> " map[$2]
    }
    { print }
' scaffold_mapping.txt the_fasta_file

字符串
它将输出发布的预期输出：

> scaffold_1_c1_cov61.3780_length417825

型
从发布的样本输入。

首先创建一个Map文件。使用任何脚本语言，如Perl。然后使用Map文件替换FASTA头：

tail -n +2 scaffold_mapping.txt | perl -lpe 's{>((scaffold_\d+_c\d+).+)}{${2}\t${1}};' > map.tsv

perl -lpe 'BEGIN { %new = map { chomp; split; } `cat map.tsv`; } s{^>(\S+)}{>$new{$1}}; ' assembly.contigs.fasta > out.fasta

字符串
out.fasta的内容：

>scaffold_1_c1_cov61.3780_length417825
ACTG
>scaffold_1_c1_cov61.3780_length417825
ACTGACTG
>scaffold_4_c1_cov84.2432_length70007
ACTGACTGACTG
231031_1055 m-apd-shtatland test%

型
Perl一行程序使用以下命令行标志：
-e：告诉Perl在线查找代码，而不是在文件中查找。
-p：一次循环一行输入，默认情况下将其分配给$_。每次循环迭代后添加print $_。
-l：在执行代码之前去掉输入行分隔符（默认情况下，*NIX上为"\n"），并在打印时附加它。
BEGIN { ... }：在运行其余代码之前执行代码，在这里，在解析fasta文件之前。
%new = map { chomp; split; }cat map.tsv;：slurp整个Map文件，将结果存储在%new哈希中。
s{^>(\S+)}{>$new{$1}};：使用%new散列将fasta头（=以>开头的行）从旧的用法更改为新的用法。$1存储序列ID，即括号内捕获的任何内容。

参见：

• tail
• perldoc perlrun：如何执行Perl解释器：命令行开关
• perldoc perlre : Perl regular expressions (regexes)的
• perldoc perlrequick : Perl regular expressions quick start的