有点晚了，但我想分享我的观点。
我最近遇到了这个问题，当我发现一个Java项目同时使用这两个库时。
我认为org.json更容易阅读和使用，主要有两个原因（为了我的需要）：

1. JsonObject是不可变的。您不能向现有的JsonObject添加新的键/值对（参考：javax.json: Add new JsonNumber to existing JsonObject）
   1.打印JsonObject或JsonArray需要几行代码，而打印JSONObject或JSONArray只需要一行代码。示例：

StringWriter sw = new StringWriter();
Map<String, Object> properties = new HashMap<>();
properties.put(JsonGenerator.PRETTY_PRINTING, true);

JsonWriterFactory writerFactory = Json.createWriterFactory(properties);
JsonWriter jsonWriter = writerFactory.createWriter(sw);

jsonWriter.writeObject(jsonObject); //JsonObject created before
jsonWriter.close();
String prettyPrintedJSON = sw.toString();

字符串
这是我用来获取缩进JSON以写入文件的代码。使用org.json，我只需要jsonObject.toString(4)。
另一个区别是构造函数。你需要一个JsonObjectBuilder来创建一个带有javax.json的JSON。这是可以避免的。
我确信还有更多的不同之处（不确定是否可以从String创建JsonObject），但这些是我的想法。

如前所述，JSONObject由android的API提供。JsonObject专门用于Java EE开发，主要用于Web应用程序和网络功能等。
Android没有从Oracle Java EE包中预打包JsonObject的原因是因为javax可以做的很多事情在Android中是不允许的，比如未经许可访问互联网。这意味着导入javax的整个jar文件将与Android冲突。
如果你打算用Java EE构建自己的后端，我强烈建议你使用JsonObject而不是JSONObject。另一方面，如果你知道一个预构建的REST服务或类似的东西，它更好地支持Android的JSON。

我建议你使用方怡东的json-simple工具包来使用JSON对象。它提供了有用的功能，并且不依赖于外部库，这在Android应用程序开发过程中是一个巨大的问题。
回答你的问题：如果你不想在你的项目中使用json-simple，你应该使用org.json中的JSONObject，因为它是由Android JDK提供的。有关更多信息，请参阅http://developer.android.com/reference/org/json/JSONObject.html。

1. org.json不包含解析JSON字符串的parse类，而org.json.simple包含parse类。
2. org.json.JSONObject包含了大量的getter方法，可以直接获取int，boolean，object，string，JSON Array等。org.json.simple.JSONObject不包含特定的方法，所以每次获取特定键的值时都需要进行类型转换。
   1.简单地说，使用org.json.simple.JSONObject单独进行解析，并将其类型转换为org.json.JSONObject，以便在程序中进一步使用。