这是一个版本不匹配的问题。
要使用PHP5和SQLite打开数据库，我们需要使用PDO而不是sqlite_open()函数。如何打开或创建数据库的示例：

/*** connect to SQLite database ***/

    $dbh = new PDO("sqlite:VPN0.sqlite");
    echo "Handle has been created ...... <br><br>";

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我也遇到了同样的问题，使用pdo而不是sqlite_open（）
this link是非常有帮助的，这里是我的代码片段，工作完美，希望它有帮助

$dir = 'sqlite:YourPath/DBName.db';
$dbh  = new PDO($dir) or die("cannot open the database");
$query =  "SELECT * from dummy_table";
foreach ($dbh->query($query) as $row)
{
    echo $row[0];
}

字符串

这很可能是php sqlite版本和您的独立sqlite可执行文件之间的版本不匹配。
参见：https://www.php.net/manual/en/book.sqlite.php-在“用户贡献的笔记”下，来自Andrew Paul Dickey。
对于快速解决方案，您可以安装并使用sqlite 2独立可执行文件。

我最近遇到了这个完全相同的问题，并找出了发生了什么事。（是的，所有其他答案都是正确的-这是一个版本不匹配的问题。）我张贴这一点提供一些额外的信息，可能有助于其他人遇到这个问题.

总结：

该错误是由于sqlite3.exe命令行工具（实现SQLite版本3）无法读取使用PHP的SQLite（实现SQLite版本2）过程接口创建的数据库文件。

讨论：

我正在学习一个教程，它描述了如何在PHP中使用SQLITE：SQLite PHP tutorial（注意我在Windows XP上运行的是PHP 5.2.14）。（不兼容）与SQLite数据库管理系统接口的方式;程序化API（SQLite）和面向对象的API（SQLite Functions (PDO_SQLITE)）。过程API使用SQLite版本2，OOP API使用SQLite版本3。对于Windows PHP平台，通过在php.ini中取消注解这一行来启用过程API：
extension=php_sqlite.dll个
当OOP API通过取消注解这些行来启用时：
extension=php_pdo.dll个
extension=php_pdo_sqlite.dll个
请注意，有一个免费的Win32工具允许管理和操作任何版本的SQLite数据库：SQLite Administrator。该工具允许将版本2数据库（使用PHP的过程API创建）转换为可以使用sqlite3.exe命令行工具读取的版本3数据库。

这个问题已经存在了两年，但现在可以这样解决：

class MyDB extends SQLite3
{
    function __construct()
    {
            $dbFile = __DIR__ . '/../../../adminer/Dictionary.sqlite';
            $this->open($dbFile);
    }
}

$db = new MyDB();
$db->exec('CREATE TABLE students (names VARCHAR(80))');
echo "done";

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来源：http://php.net/manual/en/sqlite3.open.php

你为什么要开两次车？
试试这个代码：

<?php
$db = sqlite_open( "test.db", 066, $err );
sqlite_query( $db, "CREATE TABLE students (names VARCHAR(80))" );
sqlite_close( $db );
?>

字符串
编辑：Fin可能是对的;也许你必须用phpinfo（）检查SQLite版本。

还有一个更简单的方法来解决这个问题。你可以将sqlite 2数据库文件转换为sqlite 3。我在Mac OS X上用SQLiteManager程序做到了这一点。