emmeans R package error：“Error in t(OO[[rr]])：object 'unpackedMatrix_transpose' not found”

f4t66c6m 于 12个月前发布在其他

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我尝试在RStudio中使用emmeans包，我已经成功地做了很多次，但现在它给了我一个我无法解决的错误：
shannon_site_emm <- emmeans（shannon_site，factor（site））
t（OOrr）中的错误：未找到对象'unpackedMatrix_transpose'
具体地说，我正在重新运行一个以前使用过的脚本和一个更新的数据集，所以我知道emmeans包以前在这个项目中工作过，对我的数据集的更新的性质不够引人注目，它们应该是这里的问题。

以前有没有人遇到过这个错误，知道如何修复它？

我做了什么：

#fit a model:
shannon_site <- lmer(Shannon ~ site + (1|bird_name), data = alpha_metadata)

# inspected parameters:
summary(shannon_site)

Linear mixed model fit by REML. t-tests use Satterthwaite's method ['lmerModLmerTest']
Formula: Shannon ~ site + (1 | bird_name)
   Data: alpha_metadata

REML criterion at convergence: 889.7

Scaled residuals: 
    Min      1Q  Median      3Q     Max 
-2.4094 -0.6484  0.0143  0.5922  2.6900 

Random effects:
 Groups    Name        Variance Std.Dev.
 bird_name (Intercept) 0.1652   0.4065  
 Residual              1.2518   1.1188  
Number of obs: 281, groups:  bird_name, 142

**Fixed effects:
                  Estimate Std. Error       df t value Pr(>|t|)    
(Intercept)         3.4142     0.8894 150.4461   3.839 0.000182 ***
siteFt Lauderdale  -1.3439     1.0893 150.4461  -1.234 0.219234    
siteJDSP            0.3794     0.9889 162.3981   0.384 0.701773    
siteSFWC           -1.3423     0.9080 152.7540  -1.478 0.141394    
siteTTP            -0.4431     0.8937 150.0042  -0.496 0.620771    
---**
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Correlation of Fixed Effects:
            (Intr) stFtLd stJDSP stSFWC
siteFtLdrdl -0.816                     
siteJDSP    -0.899  0.734              
siteSFWC    -0.980  0.800  0.881       
siteTTP     -0.995  0.813  0.895  0.975

来源：https://stackoverflow.com/questions/77723012/emmeans-r-package-error-error-in-toorr-object-unpackedmatrix-transpos

2条答案

按热度按时间

efzxgjgh1#

您的问题或多或少与this GitHub问题重复。您的R进程加载的包命名空间缓存了一个泛型函数base::t的方法，该方法来自与您安装的Matrix版本不同的版本。缓存的方法“陈旧”，因为它在安装的Matrix版本下无法正常工作，在这种情况下，因为安装的Matrix版本没有定义符号unpackedMatrix_transpose。
解决方法是 * 从源代码 * 重新安装其命名空间缓存陈旧方法的包。更新后的缓存将与当前安装的Matrix版本完全兼容。
罪魁祸首包很可能是seq，因此：

install.packages("phyloseq", type = "source")

为什么我怀疑他是个混蛋？对于loadedNamespaces()中的每个包p，在asNamespace(p)中查找一个名为.__T__t:base的符号。如果它存在，则它是一个环境缓存base::t的方法。对于每个这样的方法f，测试environment(f)是否是Matrix命名空间。如果是，然后打包p缓存方法，用于Matrix导出的base::t，因此 * 理想情况下 *，每当更新（或降级）Matrix时，您都可以从源代码重新安装它。

hasCachedMethods <- function(packages, generic, generic.from, methods.from) {
    ans <- logical(length(packages))
    names(ans) <- packages
    .__T__ <- paste0(".__T__", generic, ":", generic.from)
    ns.from <- asNamespace(methods.from)
    for (i in seq_along(packages)) {
        e <- asNamespace(packages[i])[[.__T__]]
        if (!is.environment(e))
            next
        for (s in names(e)) {
            if (identical(environment(e[[s]]), ns.from)) {
                ans[i] <- TRUE
                break
            }
        }
    }
    ans
}

> loadedNamespaces()
[1] "compiler"  "graphics"  "utils"     "grDevices" "stats"     "datasets" 
[7] "methods"   "base"
> loadNamespace("phyloseq")
<environment: namespace:phyloseq>
> (packages <- loadedNamespaces())
 [1] "methods"          "generics"         "utf8"             "graphics"        
 [5] "bitops"           "stringi"          "lattice"          "digest"          
 [9] "magrittr"         "grid"             "grDevices"        "iterators"       
[13] "foreach"          "plyr"             "jsonlite"         "Matrix"          
[17] "ape"              "GenomeInfoDb"     "survival"         "mgcv"            
[21] "fansi"            "scales"           "permute"          "Biostrings"      
[25] "codetools"        "ade4"             "cli"              "rlang"           
[29] "crayon"           "XVector"          "Biobase"          "splines"         
[33] "munsell"          "utils"            "vegan"            "stats"           
[37] "tools"            "base"             "parallel"         "reshape2"        
[41] "phyloseq"         "dplyr"            "colorspace"       "Rhdf5lib"        
[45] "ggplot2"          "GenomeInfoDbData" "multtest"         "BiocGenerics"    
[49] "vctrs"            "R6"               "stats4"           "lifecycle"       
[53] "rhdf5"            "zlibbioc"         "stringr"          "biomformat"      
[57] "S4Vectors"        "IRanges"          "MASS"             "cluster"         
[61] "pkgconfig"        "pillar"           "gtable"           "glue"            
[65] "data.table"       "Rcpp"             "tidyselect"       "tibble"          
[69] "rhdf5filters"     "datasets"         "igraph"           "nlme"            
[73] "compiler"         "RCurl"           
> h <- hasCachedMethods(packages, "t", "base", "Matrix")
> h[h]
  Matrix phyloseq 
    TRUE     TRUE

这种分析对每个用户来说都是太高的期望。理想情况下，Matrix的作者应该设计一种机制来系统地检测缓存失效，然后在更新之前以某种方式发布这些信息。（它正在发生，慢慢地......）更理想的是，我们将研究在加载时将方法修补到缓存类和方法的效果。这将完全防止缓存失效，但我们（主要是我）根本没有找到时间。

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j2qf4p5b2#

我以前在an issue report中见过这个问题。这不是emmeans中的问题。它可能是R版本和Matrix包支持之间的转换中的一些故障。我认为如果您重新安装一些包（也许是Matrix？）并重新启动R，问题就会消失。抱歉我不能更具体，但我确实有用户报告成功。

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