我有一个hack...
我将NA值替换为非常具体的0.001。
然后我调整了渲染器，使其用0.001的浅灰色对单元格进行着色：

# Used by hot_heatmap
renderer_heatmap = function(color_scale) {
  renderer = gsub("\n", "", "
                  function (instance, td, row, col, prop, value, cellProperties) {
                  Handsontable.renderers.TextRenderer.apply(this, arguments);
                  heatmapScale  = chroma.scale(['%s1', '%s2']);
                  if (instance.heatmap[col]) {
                    mn = instance.heatmap[col].min;
                    mx = instance.heatmap[col].max;
                    pt = (parseInt(value, 10) - mn) / (mx - mn);
                    if (value == 0.001) {
                      td.style.backgroundColor = 'lightgrey';
                    } else {
                      td.style.backgroundColor = heatmapScale(pt).hex();
                    }
                  }
                  }
                  ")
  renderer = gsub("%s1", color_scale[1], renderer)
  renderer = gsub("%s2", color_scale[2], renderer)
  renderer
}

字符串
这不是我最好的时刻，希望得到更好的答案！

rhandsontable的现代版本（我有0.3.7）通过将这些单元格显示为灰色而不影响其他单元格的颜色来正确处理NA。