我在R. spatstat上用kppm函数拟合对数高斯考克斯点过程的点模式,它应该给予我强度系数的预测和潜在非齐次泊松强度的置信区间,然后cox过程的相互作用系数和新的置信区间(对于相同的系数)考虑到相互作用.
我输入的命令是:
quad_fes <- quadscheme(data = ppp_fes, dummy = test_dummy_points)
kppm_all_fes<-kppm(
X=quad_fes,
trend=~log(daylight_P50sp_im) + log(daylight_Hits_im ) + log(d_fes_im) + SpeedLimit_im + strada_tip_im + log(P1_im) + log(E1_im),
clusters="LGCP", method="mincon")
kppm_all_fes
confint(kppm_all_fes)
字符串
协变量是像素化的图像(没有在区域的每个点上定义,但这对估计值来说不是问题),它们是通过as.im的光栅化获得的。ppp_fes是一个点模式。
R的输出没有给给予我第二组置信区间(有交互作用),它会是什么呢?它只是给了NA列
输出是
Inhomogeneous Cox point process model
Fitted to point pattern dataset ‘quad_fes’
Fitted by minimum contrast
Summary statistic: inhomogeneous K-function
Log intensity: ~log(daylight_P50sp_im) + log(daylight_Hits_im) + log(d_fes_im) + SpeedLimit_im +
strada_tip_im + log(P1_im) + log(E1_im)
Fitted trend coefficients:
(Intercept) log(daylight_P50sp_im) log(daylight_Hits_im) log(d_fes_im)
-8.4336803232 -0.7195136965 0.0597531881 -0.1869696161
SpeedLimit_im strada_tip_im log(P1_im) log(E1_im)
-0.0100578297 0.0005152514 0.3538175166 -0.0706547930
Cox model: log-Gaussian Cox process
Covariance model: exponential
Fitted covariance parameters:
var scale
9.505158 6.238008
Fitted mean of log of random intensity: [pixel image]
型
对于confint来说,
2.5 % 97.5 %
(Intercept) NA NA
log(daylight_P50sp_im) NA NA
log(daylight_Hits_im) NA NA
log(d_fes_im) NA NA
SpeedLimit_im NA NA
strada_tip_im NA NA
log(P1_im) NA NA
log(E1_im) NA NA
型
我找不到任何关于Baddeley(空间点模式,2015)如何解决这个问题的信息..我知道这是一个很长的镜头,但pleaseeeeeee帮助我真的想找到一个解决方案。
我试过只使用一个协变量,并检查我的协变量如何与Baddeley书中的例子不同,但我找不到解决方案。
编辑我在使用kppm时得到的警告是
警告:协变量“daylight_P50sp_im”、“daylight_Hits_im”、“SpeedLimit_im”、“strada_tip_im "、”P1_im“、”E1_im“的值为NA或未定义,为0.57%(1236个中的7个)正交点。执行时警告:ppm.quad(Q = X,趋势=趋势,协变量=协变量,力拟合=真,警告:位于像素图像域之外的2个查询点的值通过投影到最近的像素来估计
var(kppm_all_fes)
型
返回var(kppm_all_fes)中的错误:is.atomic(x)不是TRUE
1条答案
按热度按时间6vl6ewon1#
置信区间基于(1)参数估计值和(2)这些参数估计值的估计标准误差(方差的平方根)。
在您的示例中,参数估计值是正确的;它们作为“拟合趋势系数”打印在输出中,可以使用
coef(kppm_all_fes)
提取为向量。在您的示例中,计算的标准误差似乎为NA。这可能是因为计算的方差为NA或为负(因为负数的平方根返回为NA)。您可以通过键入以下命令进行检查
字符串
它应该返回方差的非负有限数的方阵(在您的示例中为8 x 8)。
在执行计算时应该有某种警告消息。这也会给予关于什么出错的信息。
在某些特殊情况下,方差估计值可以是无穷大或NA。其中一种特殊情况是幂律模型,如Baddeley Rubak and Turner (2015)的第9.3.8节所述。幂律关系由公式
~ log(Z)
表示,其中Z
是原始协变量。您的示例模型在某些变量中涉及幂律关系。因此,这可能是解释。为了彻底解决你的问题,我需要访问你的数据,或者问题的Minimal Reproducible Example。