R语言 对数高斯考克斯过程的置信区间估计问题

mqkwyuun  于 2024-01-03  发布在  其他
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我在R. spatstat上用kppm函数拟合对数高斯考克斯点过程的点模式,它应该给予我强度系数的预测和潜在非齐次泊松强度的置信区间,然后cox过程的相互作用系数和新的置信区间(对于相同的系数)考虑到相互作用.
我输入的命令是:

quad_fes <- quadscheme(data = ppp_fes, dummy = test_dummy_points)
kppm_all_fes<-kppm(
 X=quad_fes,
  trend=~log(daylight_P50sp_im) + log(daylight_Hits_im ) + log(d_fes_im) + SpeedLimit_im + strada_tip_im + log(P1_im) + log(E1_im),
  clusters="LGCP", method="mincon")
kppm_all_fes
confint(kppm_all_fes)

字符串
协变量是像素化的图像(没有在区域的每个点上定义,但这对估计值来说不是问题),它们是通过as.im的光栅化获得的。ppp_fes是一个点模式。
R的输出没有给给予我第二组置信区间(有交互作用),它会是什么呢?它只是给了NA列
输出是

Inhomogeneous Cox point process model
Fitted to point pattern dataset ‘quad_fes’
Fitted by minimum contrast
    Summary statistic: inhomogeneous K-function

Log intensity:  ~log(daylight_P50sp_im) + log(daylight_Hits_im) + log(d_fes_im) + SpeedLimit_im + 
strada_tip_im + log(P1_im) + log(E1_im)

Fitted trend coefficients:
           (Intercept) log(daylight_P50sp_im)  log(daylight_Hits_im)          log(d_fes_im) 
         -8.4336803232          -0.7195136965           0.0597531881          -0.1869696161 
         SpeedLimit_im          strada_tip_im             log(P1_im)             log(E1_im) 
         -0.0100578297           0.0005152514           0.3538175166          -0.0706547930 

Cox model: log-Gaussian Cox process
    Covariance model: exponential
Fitted covariance parameters:
     var    scale 
9.505158 6.238008 
Fitted mean of log of random intensity: [pixel image]


对于confint来说,

2.5 % 97.5 %
(Intercept)               NA     NA
log(daylight_P50sp_im)    NA     NA
log(daylight_Hits_im)     NA     NA
log(d_fes_im)             NA     NA
SpeedLimit_im             NA     NA
strada_tip_im             NA     NA
log(P1_im)                NA     NA
log(E1_im)                NA     NA


我找不到任何关于Baddeley(空间点模式,2015)如何解决这个问题的信息..我知道这是一个很长的镜头,但pleaseeeeeee帮助我真的想找到一个解决方案。
我试过只使用一个协变量,并检查我的协变量如何与Baddeley书中的例子不同,但我找不到解决方案。
编辑我在使用kppm时得到的警告是
警告:协变量“daylight_P50sp_im”、“daylight_Hits_im”、“SpeedLimit_im”、“strada_tip_im "、”P1_im“、”E1_im“的值为NA或未定义,为0.57%(1236个中的7个)正交点。执行时警告:ppm.quad(Q = X,趋势=趋势,协变量=协变量,力拟合=真,警告:位于像素图像域之外的2个查询点的值通过投影到最近的像素来估计

var(kppm_all_fes)


返回var(kppm_all_fes)中的错误:is.atomic(x)不是TRUE

6vl6ewon

6vl6ewon1#

置信区间基于(1)参数估计值和(2)这些参数估计值的估计标准误差(方差的平方根)。
在您的示例中,参数估计值是正确的;它们作为“拟合趋势系数”打印在输出中,可以使用coef(kppm_all_fes)提取为向量。
在您的示例中,计算的标准误差似乎为NA。这可能是因为计算的方差为NA或为负(因为负数的平方根返回为NA)。您可以通过键入以下命令进行检查

vcov(kppm_all_fes)

字符串
它应该返回方差的非负有限数的方阵(在您的示例中为8 x 8)。
在执行计算时应该有某种警告消息。这也会给予关于什么出错的信息。
在某些特殊情况下,方差估计值可以是无穷大或NA。其中一种特殊情况是幂律模型,如Baddeley Rubak and Turner (2015)的第9.3.8节所述。幂律关系由公式~ log(Z)表示,其中Z是原始协变量。您的示例模型在某些变量中涉及幂律关系。因此,这可能是解释。
为了彻底解决你的问题,我需要访问你的数据,或者问题的Minimal Reproducible Example

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