下面是一个dplyr/tidyr方法：

library(dplyr)
library(tidyr) # unnest
df %>%
  mutate(
    last = sub(".*_", "", Column1),
    mult = regmatches(last, gregexpr("[TYS][0-9]+", last))
  ) %>%
  unnest(mult) %>%
  mutate(Column1 = paste0(sub("_[^_]*$", "_", Column1), mult)) %>%
  select(-last, -mult)
# # A tibble: 3 × 3
#   Column1                 Column2 Column3
#   <chr>                   <chr>   <chr>  
# 1 A01235_414_429_2_2_Y414 C2      C3     
# 2 A01235_414_429_2_2_T418 C2      C3     
# 3 A01235_414_429_2_2_S687 C2      C3

字符串
使用tidyr::separate_rows也是可能的（需要更多的正则表达式和更多的工作），但是由于没有明确的定义，我认为它的代码量和上面的差不多（如果不是更多的话）。
regmatches(last, gregexpr(..))位对最后一个_之后的子串进行操作，并且 * 仅 * 该部分;其目的是提取以[TYS]开头并后跟一个或多个数字的任何子串。
查看第一个mutate(.)之后的结果，注意列表列（不是逗号分隔的字符串列），然后理解下面的unnest和mutate如何清理数据，可能会提供信息。

• Edit*：这也适用于一个字符串中的重复字母，如

df <- structure(list(Column1 = c("A01235_414_429_2_2_Y414T418S687", "A2A123_1532_1541_2_2_S1532S1535"), Column2 = c("C2", "C2"), Column3 = c("C3", "C3")), class = "data.frame", row.names = c(NA, -2L))
df
#                           Column1 Column2 Column3
# 1 A01235_414_429_2_2_Y414T418S687      C2      C3
# 2 A2A123_1532_1541_2_2_S1532S1535      C2      C3
df %>%
  mutate(
    last = sub(".*_", "", Column1),
    mult = regmatches(last, gregexpr("[TYS][0-9]+", last))
  ) %>%
  unnest(mult) %>%
  mutate(Column1 = paste0(sub("_[^_]*$", "_", Column1), mult)) %>%
  select(-last, -mult)
# # A tibble: 5 × 3
#   Column1                    Column2 Column3
#   <chr>                      <chr>   <chr>  
# 1 A01235_414_429_2_2_Y414    C2      C3     
# 2 A01235_414_429_2_2_T418    C2      C3     
# 3 A01235_414_429_2_2_S687    C2      C3     
# 4 A2A123_1532_1541_2_2_S1532 C2      C3     
# 5 A2A123_1532_1541_2_2_S1535 C2      C3

型

你可以尝试

pat <- "[YTS]\\d+"
df %>%
    mutate(Column1 = list(str_c(
        gsub(pat, "", Column1),
        str_extract_all(Column1, pat, TRUE)
    ))) %>%
    unnest(Column1)

字符串
这给

# A tibble: 3 × 3
  Column1                 Column2 Column3
  <chr>                   <chr>   <chr>
1 A01235_414_429_2_2_Y414 C2      C3
2 A01235_414_429_2_2_T418 C2      C3
3 A01235_414_429_2_2_S687 C2      C3

型