我尝试用两种基因型（“rsh 3”和“iron”）差异表达基因的基因本体的-log（FDR）来做热图。在这两列中，“rsh 3”和“iron”写的是GO术语的-log（FDR）。
我不明白是我写错了代码还是我在框架中错误地显示了我的数据。
以防我没说清楚，这是我的框架的样子：
x1c 0d1x的数据
我试了这个代码：
library(ggplot2)
heat <- read_excel("directory/heat_final.xlsx")
heat_matrix <- as.matrix(heat)
ggplot(heat, aes(x = factor(c("rsh3", "iron")), y = GO_term)) +
geom_tile()字符串
我得到这个错误：
> ggplot(heat, aes(x = factor(c("rsh3", "iron")), y = GO_term)) +
+ geom_tile()
Error in `geom_tile()`:
! Problem while computing aesthetics.
ℹ Error occurred in the 1st layer.
Caused by error in `check_aesthetics()`:
! Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (288)
✖ Fix the following mappings: `x`
Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.型
实际上，我正在尝试获得一个热图，看起来像本文的图3：
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/21580103.2020.1801524
1条答案
按热度按时间gblwokeq1#
您的主要问题是在
ggplot(aes())中，x应该是列名称，其中列包含基因型，而不是包含列名称的因子。一个附带说明是，
ggplot()期望的数据是data.frame，而不是矩阵，所以你的转换充其量是无用的（将立即恢复），或者可能使事情变得更糟。所以，你需要的是一个数据.frame，它有一个列
GO_term，你可以Map到y，还有一个列genotype，你可以Map到x。当然，还有一个列，你可以Map到fill颜色，我们叫它log_FDR。这意味着您需要将对应于基因型的列合并为一列，以使数据为tidy，例如
pivot_longer()。因此，使用虚拟数据来说明，这里是一个可重复的示例：
字符串