在R中连接Arrow表,而不会溢出内存或超过Acero的“关键数据字节”限制

doinxwow  于 9个月前  发布在  其他
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我正在使用R和Apache Arrow处理大数据。我的数据分为两个数据集,称之为:

  • vals:一组配置单元分区的parquet,每行包含一个ID(长字符串)和数百列数据(整数)
  • meta:一个元数据的组合,每行包含相同的ID和一些分组变量。

为了将vals聚合到一个可管理的大小,我需要首先连接meta。我相信以一种内存高效的分段方式来做这件事正是Arrow擅长的,但我不能做到这一点。
以下是我的尝试:

library(arrow)
library(dplyr)
vals = open_dataset(path_to_vals)
meta = open_dataset(path_to_meta)
temp = left_join(vals, meta, by='id') %>% 
  group_by(grouping_variables_from_meta) %>% 
  summarise(across(all_of(variables_from_vals), mean))
write_dataset(temp, 'some_path')

字符串
一旦我调用write_dataset,我的内存使用量就会激增。在我看来,Arrow试图通过将两个表都保存在内存中来进行连接。即使我通过从集群请求荒谬的内存量(不是长期解决方案)来暂时回避这个问题,这个过程最终还是失败了:
Error: Invalid: There are more than 2^32 bytes of key data. Acero cannot process a join of this magnitude.
我曾经使用Arrow来总结大得多的数据集,a)很少的内存使用和B)没有关于太大的关键数据的错误。但是,在那些情况下,我总是在单个数据集中有分组变量,并且不需要首先连接它们。所以,我很确定连接步骤是问题所在。
我是不是该换个方式?我是不是误解了什么?
sessionInfo():

R version 4.3.1 (2023-06-16)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Rocky Linux 8.7 (Green Obsidian)

Matrix products: default
BLAS:   /n/sw/helmod-rocky8/apps/Core/R/4.3.1-fasrc01/lib64/R/lib/libRblas.so 
LAPACK: /n/sw/helmod-rocky8/apps/Core/R/4.3.1-fasrc01/lib64/R/lib/libRlapack.so;  LAPACK version 3.11.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

time zone: America/New_York
tzcode source: system (glibc)

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] dplyr_1.1.3     arrow_13.0.0.1  nvimcom_0.9-147

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] assertthat_0.2.1 utf8_1.2.3       R6_2.5.1         bit_4.0.5       
 [5] tidyselect_1.2.0 magrittr_2.0.3   glue_1.6.2       tibble_3.2.1    
 [9] pkgconfig_2.0.3  bit64_4.0.5      generics_0.1.3   lifecycle_1.0.3 
[13] cli_3.6.1        fansi_1.0.4      vctrs_0.6.3      compiler_4.3.1  
[17] purrr_1.0.2      tools_4.3.1      pillar_1.9.0     rlang_1.1.1

svmlkihl

svmlkihl1#

由于acero(用于连接的C++执行引擎)存储键数据(uint32_t)的方式,目前不支持键数据超过4GB的连接。
您看到的错误消息是由一个检查引起的,该检查旨在防止数据被破坏并默默地返回损坏的结果。但似乎在https://github.com/apache/arrow/pull/37709中正在处理该检查,这可能意味着即使关键数据<4gb也会受到影响。

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