我正在运行msa包来为phangorn包创建DNA比对，它崩溃并显示以下错误
我在M1 Mac Book Pro上运行RStudio with R v4.3.1
mult <- msa(seqs, method="Muscle", type="dna", order="input")字符串
结果是：
*** ERROR *** MSA::SetIdCount: cannot increase count
Fatal error, exception caught.
Error in msaFun(inputSeqs = inputSeqs, cluster = cluster, gapOpening = gapOpening, :
MUSCLE finished by an unknown reason型
输入文件为6440个DNA序列，平均长度为1500 bp。
当我在Linux虚拟服务器上以独立模式运行Muscle时，我必须使用super 5选项，因为它会发出以下警告
WARNING: >1k sequences, may be slow or use excessive memory, consider using -super5
Floating point exception (core dumped)
(base) ubuntu@jrmicl-clovr:~/muscle$ muscle5 -super5 seqs.fas -output seqs_aln.fas型
有什么想法吗-是记忆问题吗？
1条答案
按热度按时间s5a0g9ez1#
我深入研究了一下MSA源代码，发现错误来自msa.cpp文件中的比较函数-lines 651-665.
我解释代码的方式是mUID（肌肉UID？）与“常规”UID不同，无论它来自哪里。ClustalOmega没有给予我这个问题，所以我可能会使用它来代替。