如何绘制SEAc椭圆- SIBER软件包？

lc8prwob 于 12个月前发布在其他

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我正在使用一个包含组和社区信息的框架，但是我对某些组的每个类别都有一个小样本（<10个样本）：

`iso1   iso2   group   community
-17.2  9.80   2019    male
-18.9  10.01  2020    female
-17.0  9.67   2019    female
-16.8  9.20   2021    male
...`

字符串
因此，我试图绘制SEAc椭圆图，并针对小样本量进行了校正，但我遇到了以下问题：
这是软件包中给出的基本绘图代码，但据我所知，它只绘制了SEA椭圆。

`plotSiberObject(phaet,
            ax.pad = 2, 
            hulls = F, community.hulls.args, 
            ellipses = T, group.ellipses.args,
            group.hulls = F, group.hull.args,
            bty = "L",
            iso.order = c(1,2),
            xlab=expression({delta}^13*C~'permille'),
            ylab=expression({delta}^15*N~'permille'),
            cex = 0.5)
addEllipse(mu, Sigma, m = 134, n = 100, p.interval = NULL,
       ci.mean = FALSE, small.sample = TRUE, do.plot = TRUE)`

型
我发现这个函数add Ellipse应该可以绘制SEAc椭圆，但是它只绘制了一个小椭圆--最小的黑色椭圆（我有五个组类别和两个社区类别，所以它应该给我给予十个正确的椭圆）。
x1c 0d1x的数据
我尝试使用ggplot 2，但后来我在包的页面中发现这个函数还不能用于ggplot。我希望找到如何绘制SEAc椭圆。

r

来源：https://stackoverflow.com/questions/77410127/how-to-plot-the-seac-ellipses-siber-package

1条答案

按热度按时间

h5qlskok1#

我现在正在用自己的数据解决这个问题。这是我找到的解决方案。“addEllipse”函数一次只绘制奇异椭圆，这就是为什么你只看到一个新椭圆的添加。
相反，你要做的是使用'plotGroupEllipses'函数，其中'plot.args'将使你能够列出你想要传递给'addEllipse'的参数，包括'small.sample= T'。类似这样：

plotSiberObject(phaet,
            ax.pad = 2, 
            hulls = F, community.hulls.args, 
            ellipses = T, group.ellipses.args,
            group.hulls = F, group.hull.args,
            bty = "L",
            iso.order = c(1,2),
            xlab=expression({delta}^13*C~'permille'),
            ylab=expression({delta}^15*N~'permille'),
            cex = 0.5)    
plotGroupEllipses(phaet, plot.args = list(n = 100,
                                          p.interval = NULL,
                                          ci.mean = F, 
                                          small.sample = T, 
                                          do.plot = T,
                                          lty = 1, lwd = 2),
              iso.order = c(1,2))

字符串
如果你运行这个，你会看到它会将椭圆添加到你现有的图中。如果你只想要SEAc椭圆，请确保将'hulls'，'ellipses'和'group.ellipses'设置为'F'，以创建一个基础散点图，在此基础上添加SEAc椭圆。希望这对你有帮助！

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