在R中的DoubletTable中加载paramSweep_v3时出错

5f0d552i  于 12个月前  发布在  其他
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我试图在一个seurat对象上运行Doubletterfly,该对象是由各种数据的集成产生的。
完整的seurat对象已完全处理:
1.规范化和FindVariableFeature预集成
1.集成对象上的ScaleData、RunPCA、FindNeighbors、FindClusters、RunUMAP。
然而,当我运行时,DoubletNode的paramSweep_v3()函数给我一个错误,即使DoubletFinder成功安装和加载[ library(DoubletFinder) ]:

  1. sweep.res.list_pbmc <- paramSweep_v3(data.seurat.filtered, PCs = 1:20, sct = FALSE)
  2. Error in paramSweep_v3(data.seurat.filtered, PCs = 1:20, sct = FALSE) :
  3. could not find function "paramSweep_v3"

字符串
如何让DoubletTable paramSweep_v3功能正常工作?

xxe27gdn

xxe27gdn1#

在旧版本的DoubletHub中,paramSweep适用于我,如下所示;

  1. sweep.res.list_pbmc <- paramSweep(data.seurat.filtered, PCs = 1:20, sct = FALSE)

字符串
但是,您始终可以从repository下载任何特定函数,并将其包含在现有包中。

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