它们 * 看起来 * 在一个单元格中，因为这是计算机上Excel在打开CSV时显示CSV的方式，但是如果您导入它，并使用,作为一个空格，它应该显示为分隔的。
它似乎用;分隔数据，所以如果它不重要，你可以调整CSV格式以适应Excel最初显示数据的方式，但不推荐这样做（在其他计算机上，它可能会显示在一个单元格中，并且很难处理它，因为它不会有逗号作为常用的分隔符.）。
为此，在options中使用;作为缓存，然后将其传递给writeFile
注意：这将使;作为CSV格式，而不是逗号（,）

const options = {
    formatterOptions: {
        delimiter: ';',
        quote: true,
    }
};

//..
await planilhas[disciplina].csv.writeFile(outputPath, options);
//..

字符串

这个问题可能是在程序中看到的.csv，我运行你的代码，输出很好。我用的是vs代码扩展。
output using vs code excel viewer

看起来你是把标题作为一行。根据文档，要添加一个标题，你可以在初始化CSV时包含一个额外的参数：

planilhas[valores[0]].addWorksheet(sheet.name, {
  headerFooter:{firstHeader: "Headers content", firstFooter: "Footer content"}
});

字符串

演示代码，它将支持多个表太多。
保存为“save-csv.js”

const ExcelJS = require('exceljs');
const fs = require('fs');
const path = require('path');

class SpreadsheetProcessor {
    static async processSpreadsheet(spreadsheetPath, csvPath) {
        const workbook = new ExcelJS.Workbook();
        await workbook.xlsx.readFile(spreadsheetPath);

        let csvContent = [];

        workbook.eachSheet((sheet, sheetId) => {
            sheet.eachRow((row, rowNumber) => {
                let rowData = [];
                row.eachCell({ includeEmpty: true }, (cell, colNumber) => {
                    rowData.push(cell.text);
                });
                csvContent.push(rowData.join(','));
            });
        });

        fs.writeFileSync(csvPath, csvContent.join('\n'));
        console.log(`Data saved to ${csvPath}`);
    }
}

async function main() {
    const fileName = 'data.xlsx';
    const csvFileName = 'data.csv';
    await SpreadsheetProcessor.processSpreadsheet(fileName, csvFileName);
}

main().catch(error => console.error(error));

字符串
输入文件x1c 0d1x
结果

disciplina teste,RESP_1,RESP_2,RESP_3,RESP_4,RESP_5,MEDIA,COD QUESTAO,TITULO,MEDIA GERAL,NUMERO PREENCHIMENTO
x,0,0,5,1,3,64,2,Q2,4,01,8
x,0,0,5,2,3,64,3,Q3,4,01,8
x,0,0,3,1,12,1,Q1,4,01,8

型