.Where(s => s.Tasks.Any(t =>t.CompanyId == _userContext.CompanyId &&
       t.UserId == _userContext.UserId))

字符串
不会过滤出检索到的任务，它只会过滤出TaskStatus，它没有用户和公司的任务，但会包括这些状态的所有任务（如果投影包括它们）。
实际上，查询TaskStatus然后将其Map到GetTaskListDTO有点奇怪，基于名称，听起来你应该只查询Task然后构建DTO。沿着这些行：

var tasks = await _repo.GetQueryable<Task>()
    .Where(t =>t.CompanyId == _userContext.CompanyId &&
       t.UserId == _userContext.UserId)
    //.ProjectTo<GetTaskDTO>(_mapper.ConfigurationProvider) // optional intermediate dto
    .ToListAsync();
var result = new GetTaskListDTO // or setup mapping
{ 
};

型
您可以引入一些中间DTO，将其与自动Map器合并结合起来。