这个问题似乎与修改器键有关，原来xmodmap -pm在两个Linux之间显示了不同的配置。
Fedora 22（不工作）显示

shift       Shift_L (0x32),  Shift_R (0x3e)
lock        Caps_Lock (0x42)
control     Control_L (0x25),  Control_R (0x69)
mod1        Alt_L (0x40),  Alt_L (0xcc),  Meta_L (0xcd)
mod2        Num_Lock (0x4d)
mod3        Mode_switch (0xcb)
mod4        Super_L (0x85),  Super_R (0x86),  Super_L (0xce),  Hyper_L (0xcf)
mod5        ISO_Level3_Shift (0x5c)

字符串
当Ubuntu（工作）回归时，

shift       Shift_L (0x32),  Shift_R (0x3e)
lock        Caps_Lock (0x42)
control     Control_L (0x25),  Control_R (0x69)
mod1        Alt_L (0x40),  Alt_L (0xcc),  Meta_L (0xcd)
mod2        Num_Lock (0x4d)
mod3      
mod4        Super_L (0x85),  Super_R (0x86),  Super_L (0xce),  Hyper_L (0xcf)
mod5        ISO_Level3_Shift (0x5c),  ISO_Level3_Shift (0x6c),  Mode_switch (0xcb)

型
在这篇Archlinux Wiki文章的帮助下，我能够创建以下~/.Xmodmap。

! First we need clear the existing mods
clear mod1
clear mod3
clear mod5
! The Mode_switch needs to be bound to a key, in order to work
! In my layout this wasn't the case, so I needed to manually do this
keycode 203 = Mode_switch NoSymbol Mode_switch
! Finally delcare the correct modifiers
add mod1 = Alt_L Meta_L
add mod5 = ISO_Level3_Shift Mode_switch

型
这修复了我在PyCharm中的Alt Gr快捷方式，现在它们可以按预期识别。Settings>Keymap>Use national layouts for shortcuts关闭。
注意，我仍然可以在其他编辑器和PyCharm中编写像ŋ这样的特殊字符，只要没有绑定快捷方式。