我有一个包含使用conda和singularity的模块的工作流。

问题

当我尝试使用snakemake -c 8 --use-conda --use-singularity（Snakemake 7.32.4）运行工作流时，我得到以下错误：

WorkflowError in file /home/user/src/project/workflow/Snakefile, line 33:
Failed to open source file /home/user/src/project/workflow/  workflows/ extract /  Snakefile
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/user/src/project/workflow/  workflows/ extract /  Snakefile '
  File "/home/user/src/project/workflow/Snakefile", line 33, in <module>

字符串
问题
为什么我得到这个错误，当

1. extract模块的f字符串正确，
   1.文件../workflow/workflows/extract/Snakefile * 确实存在吗？

设置

我在WSL 2中的Ubuntu 22.04.3 LTS上的Miniforge3 conda env中运行整个事件。

name: project
channels:
  - bioconda
  - conda-forge
dependencies:
  - snakemake=7.32.4
  - singularityce

型
../workflow/中的Snakefile包含以下相关片段：

MODULES_ROOT = "workflows/"
EXTRACT = "extract"
MODULE_EXTRACT = f"{MODULES_ROOT}{EXTRACT}/"
module extract:
    snakefile:
        f"{MODULE_EXTRACT}Snakefile"
    config: config[EXTRACT]
use rule * from extract as extract_*

型

What I tried（to no avail）（我尝试了什么（没有结果））

• ls d和cat d Snakefiles并检查拼写的正确性
• 重写了f弦
• 将Snakemake从旧版本更新为上述版本
• 删除并重新创建conda环境