为neo4j-admin导入设置堆内存

pqwbnv8z 于 12个月前发布在其他

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我尝试使用neo4j-admin import工具从csv加载数据来加载一个包含数亿个节点的图。导入将运行大约两个小时，但随后崩溃并出现以下错误：

Exception in thread "Thread-0" java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded
at java.lang.String.substring(String.java:1969)
at java.util.Formatter.parse(Formatter.java:2557)
at java.util.Formatter.format(Formatter.java:2501)
at java.util.Formatter.format(Formatter.java:2455)
at java.lang.String.format(String.java:2940)
at org.neo4j.unsafe.impl.batchimport.input.BadCollector$RelationshipsProblemReporter.getReportMessage(BadCollector.java:209)
at org.neo4j.unsafe.impl.batchimport.input.BadCollector$RelationshipsProblemReporter.message(BadCollector.java:195)
at org.neo4j.unsafe.impl.batchimport.input.BadCollector.processEvent(BadCollector.java:93)
at org.neo4j.unsafe.impl.batchimport.input.BadCollector$$Lambda$110/603650290.accept(Unknown Source)
at org.neo4j.concurrent.AsyncEvents.process(AsyncEvents.java:137)
at org.neo4j.concurrent.AsyncEvents.run(AsyncEvents.java:111)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)

字符串
我一直在尝试用几种不同的方法来调整我的最大和初始堆大小设置。首先，我尝试在运行命令加载数据之前简单地创建一个HEAP_SIZE=变量，如下所述，我尝试在JVM上设置堆大小：
export JAVA_OPTS=%JAVA_OPTS% -Xms100g -Xmx100g个
但是无论我在导入开始时使用什么设置，我都会得到相同的报告：

Available resources:
  Total machine memory: 1.48 TB
  Free machine memory: 95.00 GB
  Max heap memory : 26.67 GB
  Processors: 48
  Configured max memory: 1.30 TB
  High-IO: true

型
正如你所看到的，我在一个大型服务器上构建这个，应该有足够的资源可用。我假设我没有为Neo4j正确设置JVM参数，但我在网上找不到任何正确的方法来做这件事。
什么可能导致我的GC内存错误，我如何解决它？这是我可以通过在JVM上投入更多资源来解决的吗？如果是，我如何做到这一点，以便neo4j-admin导入工具可以使用它？
RHEL 7Neo4j CE 3.4.11Java 1.8.0_131

neo4j

来源：https://stackoverflow.com/questions/58808877/set-heap-memory-for-neo4j-admin-import

2条答案

按热度按时间

odopli941#

这个问题已经通过增加堆内存的最大值解决了。问题是我没有正确地设置堆内存分配。
结果是有一个简单的解决方案;这只是我尝试设置堆内存的时间问题。最初，我在命令行尝试了export JAVA_OPTS='-server -Xms300g -Xmx300g'命令 * 然后 * 运行我的bash脚本来调用neo4j-admin import。这不起作用，neo4j-admin import继续使用相同的堆空间配置。
解决方案是在调用neo4j-admin import的shell脚本中简单地包含设置堆内存的命令。我的shell脚本最终看起来像这样：

#!/bin/bash

export JAVA_OPTS='-server -Xms300g -Xmx300g'

/usr/local/neo4j-community-3.4.11/bin/neo4j-admin import \
--ignore-missing-nodes=true \
--database=mag_cs2.graphdb \
--multiline-fields=true \
--high-io=true \

字符串
这看起来非常明显，但我花了将近一个星期的时间才意识到我需要改变什么。希望这能让其他人避免同样的头痛。

赞(0）回复(0）举报 12个月前

ktca8awb2#

感谢您描述您的问题。我使用您的解决方案解决了一个类似的问题，其中neo4j分配了太多的堆内存，导致导入拖。
在我的例子中，我试图导入一个具有大量关系（1800+）的数据库。我注意到性能不一致：有时导入速度很快;有时，它会爬行。我注意到在快速导入期间，状态消息会指示导入正在处理关系组-例如：

#Relationship <-- Relationship 1-1824/1824

字符串
在缓慢导入期间，状态消息将指示导入正在通过各个关系进行-例如：

<-- Relationship 6/1824  
<-- Relationship> 7/1824

型
等
最后，我注意到导入开始时一直沿着的警告：

WARNING: heap size 1.705GiB is unnecessarily large for completing this import.
The abundant heap memory will leave less memory for off-heap importer caches. Suggested heap size is 1.003GiB

型
因为neo4j示例的neo4.conf文件没有设置dbms.memory.heap.initial_size，neo4j使用了一种启发式方法来过度分配heap memory。显然，没有足够的内存来支持导入处理大量的关系组，所以它做了大量的交换。
按照这里的建议，我在运行import之前立即将最大堆大小设置为警告建议的值（在本例中为1.003G）。结果：

IMPORT DONE in 9m 10s 102ms.

型

赞(0）回复(0）举报 12个月前

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