由于项目中的目录结构只是为了保持文件的组织性，一种方法是使用CMakeLists.txt自动查找src目录中的所有源文件，并将所有目录添加为包含头文件的包含目录。以下CMake文件可以作为起点：

cmake_minimum_required(VERSION 3.12)

project (Foo)

file (GLOB_RECURSE Foo_SOURCES CONFIGURE_DEPENDS "src/*.cpp")
file (GLOB_RECURSE Foo_HEADERS CONFIGURE_DEPENDS "src/*.h")

set (Foo_INCLUDE_DIRS "")
foreach (_headerFile ${Foo_HEADERS})
    get_filename_component(_dir ${_headerFile} PATH)
    list (APPEND Foo_INCLUDE_DIRS ${_dir})
endforeach()
list (REMOVE_DUPLICATES Foo_INCLUDE_DIRS)

add_executable(FooExe ${Foo_SOURCES})
target_include_directories(FooExe PRIVATE ${Foo_INCLUDE_DIRS})

字符串
两个file(GLOB_RECURSE ...命令确定源文件和头文件的集合。foreach循环从所有头文件的列表中计算包含目录的集合。CONFIGURE_DEPENDS标志告诉CMake在构建时重新运行glob命令。
计算源文件集的一个缺点是，CMake不会自动检测到新文件何时添加到源树中。您必须手动重新创建构建文件。

虽然@sakra对这个问题给出了一个很好的答案，但我认为更深入地探讨这个问题更合适。
我们希望将代码分成模块和库有很多原因。比如代码封装，可重用性，更容易调试等。这个想法也会在编译过程中传播。
换句话说，我们希望将编译过程分成小的编译步骤，每个步骤都属于一个模块。因此每个模块都必须有自己的编译过程。这就是为什么我们每个目录使用一个CMakeLists.txt文件。因此每个目录都有自己的编译命令，并且在项目的根目录中有一个主CMakeLists.txt文件。
下面是一个例子。考虑以下项目的结构：

src/
|
- main.cpp
|
_sum/
    |
    - sum.h
    |
    - sum.cpp

字符串
我们将有一个CmakeLists.txt每个目录。第一个目录是项目的根目录，其中src/文件夹在它。这里是该文件的内容：

cmake_minimum_required(VERSION 3.4)
project(multi_file)

set(CMAKE_CXX_STANDARD 17)
set(CMAKE_CXX_FLAGS "-Wall")

add_subdirectory(src)

型
下一个CMakeLists.txt将位于src/目录中：

add_subdirectory("sum")

add_executable(out main.cpp)
target_link_libraries(out sum)

型
最后一个将位于sum/目录中：

add_library(sum SHARED sum.cpp)

型
我创建了一个github repository，以防你觉得你需要看代码或者需要进一步的解释。

我不是CMake方面的Maven，但既然没有其他答案，我就看看文档并给予尝试。
看起来CMake允许您给予一个包含目录的列表：http://www.cmake.org/cmake/help/cmake-2-8-docs.html#command:include_directories
比如说

include_directories("src/top1/mid1/bot1" "src/top1/mid1/bot2/" ... )

字符串
这些被传递给编译器，这样它就可以找到头文件，并将被传递给每个源文件。所以你的任何源文件都应该能够包含任何头文件（我认为这是你所要求的）。
与此类似，您应该能够在add_executable命令中列出所有源文件：

add_executable(name "src/top1/mid1/bot1/src1.cpp" "src/top1/id1/bot2/src2.cpp" ...)

型
因此，这将是一种简单的方法来构建所有内容。每个源文件将被编译，并将在所有这些目录中查找头文件，然后目标文件将链接在一起。考虑是否有任何方法可以简化这一点，这样你就不需要那么多的包含文件夹，也许只有几个共同的头文件需要被所有的源文件引用。如果事情变得更复杂，你可以建立子文件。也要考虑分离源文件和头文件（例如在src和include中）。