llama_index [Bug]: MarkdownElementNodeParser:pandas.errors.ParserError: 解析数据时出错,C错误:在第0行的字符串内部遇到EOF,

r1zk6ea1  于 3个月前  发布在  其他
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这个错误是由于在解析Markdown文档时,遇到了一个字符串内的EOF(文件结束符)。具体来说,是在解析表格时出现了问题。为了解决这个问题,你可以尝试以下方法:

  1. 检查你的Markdown文档中的表格语法是否正确。确保每个表格都用|分隔列,每行数据用-+分隔单元格。

  2. 如果表格中的数据量很大,可以考虑将其拆分为多个较小的表格,以避免一次性加载过多数据导致内存不足。

  3. 如果问题仍然存在,可以尝试升级pandas库到最新版本,或者使用其他解析Markdown文档的库,如markdown-it-pymistune

qnakjoqk

qnakjoqk1#

要解决使用 llama_index 包中的 MarkdownElementNodeParser 时出现的 pandas.errors.ParserError: Error tokenizing data. C error: EOF inside string starting at row 0 错误,请确保输入数据格式正确,不包含任何未关闭的字符串或格式错误的表格。MarkdownElementNodeParser 类包括处理不同类型元素的逻辑,如表格、文本和代码块。它验证表格的每一行具有相同数量的列且至少有两行,这有助于避免格式错误的表格错误。
以下是如何处理此类数据的示例:

from llama_index.legacy.llms import MockLLM
from llama_index.legacy.node_parser.relational.markdown_element import MarkdownElementNodeParser
from llama_index.legacy.schema import Document

def test_md_table_extraction() -> None:
    test_data = Document(
        text="""
# This is a test

| Year | Benefits |
| ---- | -------- |
| 2020 | 12,000   |
| 2021 | 10,000   |
| 2022 | 130,000  |

# This is another test

## Maybe a subheader

| Year | Benefits | age | customers |
| ---- | -------- | --- | --------- |
| 2020 | 12,000   | 12  | 100       |
| 2021 | 10,000   | 13  | 200       |
| 2022 | 130,000  | 14  | 300       |
"""
    )

    node_parser = MarkdownElementNodeParser(llm=MockLLM())

    nodes = node_parser.get_nodes_from_documents([test_data])
    print(f"Number of nodes: {len(nodes)}")
    for i, node in enumerate(nodes, start=0):
        print(f"Node {i}: {node}, Type: {type(node)}")
    assert len(nodes) == 6

test_md_table_extraction()

此外,MarkdownElementNodeParser 类中的 md_to_df 函数通过替换某些字符并确保表格结构正确,将markdown表格转换为pandas DataFrames。此函数通过验证表格的每一行具有相同数量的列且至少有两行,帮助避免格式错误的表格错误。以下是 md_to_df 函数的相关部分:

def md_to_df(md_str: str) -> pd.DataFrame:
    """Convert Markdown to dataframe."""
    # Replace " by "" in md_str
    md_str = md_str.replace('"', '""')

    # Replace markdown pipe tables with commas
    md_str = md_str.replace("|", '","')

    # Remove the second line (table header separator)
    lines = md_str.split("\n")
    md_str = "\n".join(lines[:1] + lines[2:])

    # Remove the first and last second char of the line (the pipes, transformed to ",")
    lines = md_str.split("\n")
    md_str = "\n".join([line[2:-2] for line in lines])

    # Check if the table is empty
    if len(md_str) == 0:
        return None

    # Use pandas to read the CSV string into a DataFrame
    return pd.read_csv(StringIO(md_str))

请确保 Document 对象中的markdown文本格式正确,不包含任何未关闭的字符串或格式错误的表格。这应该有助于解决 ParserError1(https://github.com/run-llama/llama_index/blob/main/llama-index-core/tests/node_parser/test_markdown_element.py)2(https://github.com/run-llama/llama_index/blob/main/llama-index-core/llama_index/core/node_parser/relational/markdown_element.py)3(https://github.com/run-llama/llama_index/blob/main/llama-index-legacy/tests/node_parser/test_markdown_element.py)4(https://github.com/run-llama/llama_index/blob/main/llama-index-legacy/llama_index/legacy/node_parser/relational/markdown_element.py) 错误。

  • 要继续与 Dosu 对话,请提及 @dosu。*
jgzswidk

jgzswidk2#

+1 @logan-markewich 有没有一种方法可以忽略这个错误?

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